Если я правильно понимаю, валы не родные и для удаления задней их тоже надо будет поменять?

Валы родные.
На них, вместо гаек накрутили шестерёнки.
Меняйте Trap Door (промежуточная крышка кпп с подшипниками) ставьте гайки гайки вместо шестерёнок, и можно мчать в закат.

А, забыл, ещё шток сцепления на таких з. ходах свой - длинный.
Померьте его длину, и напишите сюда, я скажу, родной он или не родной.

DMC, а раз про сцепление вспомнили подскажи пожалуста по тросу сцепления. На разных тросах разная длинна резьбы, вкручиваемой в крышку КПП. Это отчего так? Как заранее понять какая будет на купленном тросе?

Эти шпонки, по инструкции к заднему ходу сделали. Они нужны, чтобы, если включить заднюю не на нейтралке, не произошёл ахтунг. А просто срезались шпонки. Они из мягкого металла.
Типа, "защита от дурака"

Промежуточную крышку купил тут на форуме, правда она оказалась с трещиной...

купленую деталь с трещиной, выбрасывайте, и ищите другую целую. их на авито есть занедорага, это не редкость.
хороший ремонт трещины с расточкой стоит дороже бэушного хорошего trap door/

тоже к этому склоняюсь, но в данный момент в продаже ничего не нашел. обидно конечно, ведь задавал же вопрос продавцу. есть ли трещины?
но наверное пока оставлю себе ее, 1 т.р вроде не дорого. а пока поищу другую.

Можно вот так починить.
Вырезать пластинку, закалить, просверлить отверстия, в крышке нарезать резьбу и на жёсткий фиксатор закрутить винтами.

По принципу маслоплиты от первых твинкамов.
Как бы такая пластина от маслоплиты не подошла без переделок, только отверстия с резьбой сделать.